Nous avons démontré que les VS sont associés à des régions amplifiées de manière récurrente et identifié de nouveaux oncogènes candidats (TRPM7, GABPB1 et SPPL2A) pour le MM. Nos résultats suggèrent l'existence de deux sous-groupes moléculaires de MM qui pourraient bénéficier de thérapies dédiées, telles que les inhibiteurs de points de contrôle immunitaire ou les thérapies ciblées, tant en médecine humaine que vétérinaire. Le mélanome muqueux (MM) est un cancer clinique rare et agressif. Malgré des avancées récentes en matière de génétique et de traitement, le pronostic du MM reste mauvais. Le MM canin offre un modèle spontané et immunocompétent pertinent pour déchiffrer les bases génétiques et explorer les traitements du MM. Nous avons réalisé une analyse génomique et transcriptomique intégrative de 32 échantillons de MM canins, qui a permis d'identifier deux sous-groupes moléculaires présentant un microenvironnement et un contenu en variants structurels (VS) différents. La surexpression des gènes liés au microenvironnement et à la réponse des cellules T était associée aux tumeurs présentant un contenu plus faible en VS, tandis que la surexpression des voies et des oncogènes liés à la pigmentation, tels que TERT, était associée à une charge élevée en VS. En utilisant le séquençage du génome entier, nous avons montré que les amplifications focales caractérisaient des réarrangements chromosomiques complexes ciblant des oncogènes, tels que MDM2 ou CDK4, et une région amplifiée de manière récurrente sur le chromosome 30 canin. Nous avons également démontré que les gènes TRPM7, GABPB1, et SPPL2A, situés dans cette région CFA30, jouent un rôle dans la prolifération cellulaire, et peuvent donc être considérés comme de nouveaux oncogènes candidats pour le MM humain. Nos résultats suggèrent l'existence de deux sous-groupes moléculaires de MM qui pourraient bénéficier de thérapies spécifiques, telles que les inhibiteurs de points de contrôle immunitaire ou les thérapies ciblées, tant en médecine humaine que vétérinaire.

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Anaïs Prouteau