Entre l’animal entier et les lignées cellulaires en culture, les biologistes développent actuellement un modèle intermédiaire : les organoïdes. Ce sont des structures cellulaires en trois dimensions qui miment l’architecture et le fonctionnement de l’organe entier. Les organoïdes sont obtenus à partir de cellules souches grâce à un processus d’auto-organisation, favorisé par un milieu de culture contenant les facteurs de croissance et de différenciation adéquats (1). Les méthodologies développées depuis les années 2010 permettent actuellement d’obtenir des organoïdes de plusieurs organes : intestin, rétine, glande mammaire, foie, rein, poumon et même cerveau. Initialement mis au point chez l’homme et la souris, ces techniques commencent à être adaptées à de nombreuses espèces d’animaux domestiques (porc, poulet, cheval, mouton, vache, lapin).

Les organoïdes : un énorme potentiel en biologie et en médecine

Les organoïdes donnent lieu à de nombreuses applications : étude du développement, de mécanismes cellulaires, de pathologies, effets de nutriments, criblage et toxicité de médicaments etc. Leur enjeu en médecine est considérable : source de cellules et de tissus pour les greffes et la thérapie cellulaire, modèle d’organes pour tester des traitements, modélisation de différentes neuropathologies (Parkinson, Alzheimer, etc.) dans des organoïdes de cerveaux, modélisation des maladies infectieuses et test d’antimicrobiens, etc. Avec ces modèles, on peut aussi utiliser la surexpression ou l’inhibition de gènes beaucoup plus facilement qu’in vivo. On peut par exemple, en inactivant, mutant ou modifiant un gène connu, mimer un intestin atteint de mucoviscidose et utiliser ce modèle de maladie pour tester des médicaments.

Réduire les expériences sur l’animal

Les organoïdes constituent une branche de la biologie cellulaire en plein essor. Il subsiste encore de nombreuses difficultés méthodologiques pour les obtenir et pour tester leur « conformité » avec l’organe étudié. Néanmoins, leurs modalités de culture ne cessent de se perfectionner, avec des composants et des milieux de culture de plus en plus performants. Les interactions avec les biophysiciens doivent se renforcer pour mettre au point des matrices qui guident les cellules et les aident à reproduire la forme de l’organe, comme par exemple les villosités intestinales. « Les organoïdes obtenus sont encore imparfaits, mais ils ont un potentiel énorme. Ils permettent aussi de réduire le recours aux animaux, et, bien qu’ils ne puissent pas les remplacer pour reproduire le fonctionnement de l’organisme entier, ils permettent de faire des essais préalables et de diminuer le nombre d’expériences in vivo » analyse Bertrand Pain (2).

La dynamique du collectif

Les organoïdes sont des structures qui peuvent se conserver par cryogénie, de même que les cellules souches qui servent de point de départ. Constituer des biobanques présente l’avantage d’avoir un matériel homogène pour la reproductibilité des expériences, de limiter le temps de préparation des organoïdes, de réduire les prélèvements de cellules souches sur les animaux. Pour les animaux d’intérêt agronomique, le CRB-Anim permettra le stockage et la mise à disposition de l’ensemble de la communauté scientifique, ainsi que de mutualiser les savoir-faire et le matériel produit.

Plus de 80 chercheurs de plusieurs départements scientifiques d’INRAE (PHASE, GA, SA, ALIMH et MICA) se sont regroupés au sein d’un collectif. Ce groupe de travail organise la veille scientifique et la diffusion des avancées réalisées dans le domaine des organoïdes chez les espèces agronomiques (protocoles expérimentaux, revues scientifiques, organisation de séminaires). Les membres du groupe participent également activement à une structure nationale récemment créée en Janvier 2021, le GDR Organoides.

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• Bertrand Pain