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Des semences de races locales porcines sont conservées dans la Cryobanque Nationale (CBN) sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats). Elles ont vocation à servir aux programmes de conservation. Une caractérisation génomique des collections de la CBN d’une part et d’animaux récents (240 animaux) d’autre part est réalisée par génotypage (puce 70K). Les races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest et Nustrale sont ainsi étudiées sur trois périodes : années de naissance moyennes 1986 (pellets), 1998 (paillettes) et 2014 (animaux récents). L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement des animaux par race. Quelques erreurs de traçabilité des semences les plus anciennes (pellets) sont décelées. L’apparentement génomique moyen entre les animaux d’une même race est le plus faible en race Nustrale et le plus élevé en race Basque. Dans les échantillonnages d’animaux récents, l’absence de certains allèles trouvés dans l’ADN des semences plus anciennes souligne l’intérêt de la CBN. L’évolution dans le temps du statut halothane des races locales diffère en fonction des pratiques régulières ou non de génotypage. Enfin, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de génome dans des segments chromosomiques homozygotes, est estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Des valeurs de FROH supérieures à 0,22 semblent associées à des échecs de reproduction plus fréquents avec les semences de la CBN.

Dans cette étude, le génome des six races locales porcines françaises a été caractérisé à partir d’un échantillonnage d’animaux récents et de semences stockées en CBN. Des recommandations d’utilisation du matériel de la CBN ont pu être faites pour prendre en compte la consanguinité génomique et le génotype halothane des animaux ayant produit les semences, ainsi que les quelques erreurs de traçabilité des doses de CBN les plus anciennes. Si les verrats avec les plus faibles FROH sont les plus intéressants en termes de variabilité génétique, des verrats plus consanguins de la CBN peuvent être porteurs d’allèles originaux. Néanmoins, l’utilisation des semences avec des consanguinités génomiques élevées pourrait nécessiter le développement de méthodes d’insémination spécifiques pour pallier au possible manque de pouvoir fécondant. Ce jeu de données sera par ailleurs valorisé pour développer des outils moléculaires d’assignation de race. Des études plus poussées de diversité génétique pourront aussi être faites.

Ce travail a été réalisé dans le cadre du projet Caraloporc financé en 2015 par le projet CRB-Anim, infrastructure du programme d’Investissements d’Avenir. Une partie des données de génotypage provient du programme H2020 TREASURE (GA n°634476). Le texte ne reflète que l’avis des auteurs.

Contact: Marie-josé Mercat