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Dernière mise à jour : Mai 2018

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CRB Anim

Actions incitatives

En 2016, CRB-Anim a organisé un appel à projets pour développer la caractérisation des collections hébergées par les CRB membres.

Thèmes de l'appel à projets

1. Séquençage ou génotypage par puce SNP d’échantillons provenant :

  • d’individus pour des études de diversité génétique dans une espèce domestique ou son apparentée sauvage,
  • d’individus porteurs de phénotypes rares ou d’intérêt biomédical, dans le but de faciliter l’identification de la mutation causale, l’étude pourra porter sur des tissus conservés en bloc de paraffine

2. Analyses fonctionnelles par séquences ARN pour améliorer l’annotation du génome dans une espèce domestique non modèle

3. Analyses biochimiques ou protéomiques de tissus ou fluides biologiques permettant de contribuer au phénotypage d’individus ayant des échantillons conservés

Projets financés par CRB-Anim

ARMOr : Association analysis of Ruminal Microbiota in Ovis

Porteur : C. Marie-Etancelin

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Analyse d’association entre le microbiote ruminal bactérien de 700 brebis laitières Lacaune et leur génome (apprécié par génotypage 54 kSNP – financé par l’enveloppe CRB Anim). Le projet ARMOr s’appuie sur le programme MicroGenOL dont l’objet est de i) Phénotyper les abondances bactériennes du rumen des 700 brebis par séquençage de l’ARN 16S, ii) Estimer la répétabilité des abondances bactériennes (en lien avec la production d’acides gras volatiles et longs du rumen), iii) Estimer les paramètres génétiques de ces abondances bactériennes, iv) Tester l’effet d’une sélection (sur la susceptibilité aux mammites ou sur la persistance laitière) sur le microbiote ruminal

Principaux résultats

  • Thèse H. Baudel
  • Présentations EAAP 2018 (Dubrovnik), ISNH 2018 (Clermont-Ferrand)

Perspectives

- Collection originale d’ADN d’animaux phénotypés pour leur microbiote ruminal enrichissant celles du CRB-Anim. Ces animaux sont issus d’une ressource génétique originale (lignées divergentes) et connectée à la population commerciale permettant une diffusion plus aisée des allèles favorables;
-  Nouvelles connaissances (identification de zones du génome associée à la variation de la composition du microbiote ruminal) intéressants toute la « communauté scientifique des ruminants ».

Cani-DNA Epilepsy: Identification of epilepsy genes in dogs through the Cani-DNA BRC and whole genome sequencing

Porteur : C. André

FeliSeq porté par Marie Abitbol (Vetagro Sup, Unité Gestion des Elevages)
Perchsex porté par Yann Guiguen (INRA, Laboratoire de Physiologie et de Génomique des Poissons)
MethylStemGerm porté par Florence Le Gac (INRA, Laboratoire de Physiologie et de Génomique des Poissons)
AviDeDisparition porté par Yves Bigot  (CNRS, Physiologie de la reproduction et des comportements)
ARMOr porté par Christel Marie-Etancelin (INRA, Génétique, Physiologie et Systèmes d'Elevage)
Epigermchick porté par Marina Govoroun (INRA, Physiologie de la reproduction et des comportements)
Spermeth porté par Hélène Jammes (INRA, Biologie du Développement et de la Reproduction)
Embryocryomorph porté par Véronique Duranthon (INRA, Biologie du Développement et de la Reproduction)
Genomyks porté par Delphine Lallias (INRA, Génétique Animale et Biologie Intégrative)
LW_DivSeq porté par Marie-José Mercat (Bioporc)

Appel à idées caractérisation des collections

Projets sélectionés de l'Appel à idées pour la caractérisation de collections de ressources biologiques animales.

L’objectif général de cet appel est d’améliorer la caractérisation des collections hébergées par les CRB membres du réseau CRB-Anim.
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